仮に天然痘を使った細菌兵器による攻撃では、病原菌の蔓延は極めて短時間に壮大なものとなり、感染した者が４日以内にワクチン摂取を受けられなかった場合その１／３が死亡すると感染症研究者は推測している。細菌兵器にはこの他発見されている主なものに牛痘や鼠痘がある。　特に鼠痘はワクチンをも破壊する力を持っている事よりこの病原体に感染した場合の生存率は極めて低いと検証されている。また２００２年１０月モスクワで起きたチェチェン解放軍による劇場乗っ取り事件では、ロシア当局の一斉襲撃で劇場内の１７０人余りが一瞬にして死亡したがその時に使われたとされる神経ガスにおいては、同様な物がブロードウエイの劇場内で散布された場合、その被害は瞬時に最悪なものになると想定出来る。

市警察報道筋の非公式見解によると、それらN.B.C.兵器によるテロリスト攻撃に備える体制は依然未完成なものであり、市消防局との連携救助対策ですら多く解決せねばならない課題が残ると言う。特に大きな問題は、N.B.C.兵器使用によるテロリスト攻撃が実際に起こった場合、最も適切な第１次緊急対策を如何にして瞬時に全市警察をはじめ救急側に発令出来るかというものである。特に細菌兵器による攻撃であった場合、一番の懸念は病原菌感染者を如何にして被害現場内で隔離出来るかが第一の争点になる。神経ガスと違い、細菌兵器による感染を受けた場合、被害者自身もその感染を知るまでには一定の時間を要することより、厳格かつ効果的な隔離対処が実施されなければ、サブウエイをはじめ公共交通機関等を介しての感染被害拡大は壮大なものに成りうる。

同様な被害想定ができる中、市の緊急事態対策室に関与する危機管理専門家らは N.B.C.兵器による攻撃の事実確認を待たずにして、平常時に於いても市主要拠点の各所で生物化学成分検知活動を実施すべきだと主張している。

問題点への対応策：
現在ブルームバーグ市長が直接指揮する市緊急事態対策室のもと、N.B.C.兵器使用によるテロ攻撃発生時、市警全警察官３７,０００名を筆頭に消防、救急からなるバイオディフェンスチームの緊急配置命令概要を確立中である。

その一環として、市は政府保健機関の細菌、化学兵器専門家らの協力によりバイオディフェンスチームをマンハッタン・ブロードウエイの劇場密集地にて機密的に合同訓練を実施している。同訓練には各劇場の内部見取図収集、化学兵器の被害により死亡すると想定出来る多数の死体処理や隔離訓練まで多岐に渡る被害状況を網羅している。同時に市側はN.B.C.兵器による攻撃が起こった時、即日からワクチンや抗生物質の投与を開始可能とする緊急配備センターを市５区全域合計２００ヶ所以上に設置する計画を進めている。

次にニューヨーク市が予定する大型イベントとして全米共和党大会が８月３０日よりの３日間マジソンスクエアガーデンで開催される予定だが、同大会には生物化学兵器に対する特別訓練を受けた警察官１０,０００人規模を動員し警備にあたる計画を打ち出している。尚、市警捜査課もFBI捜査官をはじめとする生物化学兵器専門家と市保健局との合同調査活動を実施するとされている。

生物化学成分の早期発見が同テロ攻撃後の市の被害を最小限におさえると主張する危機管理専門家らの指摘により、市は主要拠点に於ける常時の検知体制実施をするべく、最新生物化学兵器にも対応する能力を持つ検知器の導入に向けて調査を進めている。今現在、Lawrence　Livermore　National　Laboratoryが研究開発する病原菌検知システムが同様の能力を持つとされており市への導入に向けて市保健局と共同調査中である。同検知システムは設置された場所の空気中成分の検出を４５分以内に処理でき１００種類を超えるバクテリアやウイルス成分を検知、認識する能力があるという。